La Vice Rectoría de Investigación y Postgrado entró en funciones en julio del 2005, dependiendo de ella jerárquicamente la Dirección de Postgrado, el Centro de Investigación e Innovación Educativa (CIIE) y el recientemente creado (abril 2007) Instituto de Investigación y Evaluación Educativas (INIEED).

La Vice Rectoría de Investigación y Postgrado, ejecuta las políticas de investigación y de innovación para el pregrado y postgrado, así como de desarrollo de los estudios de postgrado. Por tanto se ocupa de promover la investigación y conducir la gestión de la misma, facilitar la innovación, velar por la calidad y pertinencia de los estudios de postgrado y fomentar la divulgación de los resultados.

Este quehacer está fundamentado en el Estatuto de la UPNFM que dice, en su Capítulo II, De Los Objetivos, Inciso c): Contribuir al desarrollo de la investigación científica en todos los campos del conocimiento y en particular investigar la realidad educativa nacional, aplicar y difundir los resultados.

En los siguientes apartados se hará una exposición detallada de cada uno de los aspectos en que se fundamentan sus funciones y su desarrollo a corto, mediano y largo plazo.