La Rectoría es el órgano de gobierno de la Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán a través del cual se ejecutan las resoluciones del Consejo Superior Universitario y del Consejo Directivo y se emiten disposiciones para el mejor funcionamiento de la institución.

Para su funcionamiento, la Rectoría contará con un rector y cuatro vice rectores en las vicerrectorías: Académica, Administrativa, de Investigación y Post-grado y del Centro Universitario de Educación a Distancia al igual que una Dirección Especial del Centro Regional de San Pedro Sula y una Secretaría General

El Rector es la máxima autoridad ejecutiva de la Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán y también su representante legal.