Es el organismo encargado de coordinar el Consejo Académico, dirigir el régimen académico, orientar la actividad académica de la Universidad Pegagógica Nacional Francisco Morazán, supervisar sistemáticamente el proceso de desarrollo de las actividades de docencia, investigación y extensión de las facultades, Departamento académicos y Centros Universitarios.

Propone criterios metodológicos, estrategias curriculares e innovaciones acordes con las exigencias educativas del país.

Así mismo evalúa el cumplimiento de las normas y disposiciones relacionadas con la selección, admisión y graduación de estudiantes, actúa como órgano de enlace en la generación y ejecución de convenios académicos.

Genera iniciativas de capacitación  y perfeccionamiento, para el personal docente de la Universidad Pegagógica Nacional Francisco Morazán.