La Dirección de Planificación y Presupuesto es la unidad responsable de promover, planificar, dirigir, coordinar y supervisar todas las actividades estratégicas, presupuestarias y de control de gestión de la UPNFM. Será la responsable del mantenimiento de las políticas de desarrollo estratégico y operativo de la Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán.

La Dirección de Planificación y Presupuesto estará dirigida a garantizar el responsable asesoramiento, diseño, coordinación, ejecución, y control del sistema de planificación estratégica y operativa, las acciones presupuestarias y el constante control de los indicadores de gestión con el apoyo de las unidades académicas y administrativas de la universidad.