La Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán tiene su Programa de Becas, cuyos objetivos son:

• Fomentar la excelencia académica preferiblemente en los estudiantes de bajos ingresos económicos.
• Estimular la participación de los alumnos en actividades culturales, deportivas, artísticas o en organizaciones estudiantiles.

Las becas que se otorgan a los alumnos se clasifican en:

1. Becas de desempeño académico
2. Becas por Cultura y Deportes