La UPNFM ha podido establecer y lograr, como máxima prioridad, la búsqueda de la excelencia en sus actividades académicas y administrativas, gracias a una estructura organizativa que propicia la participación democrática de autoridades, docentes y estudiante en sus órganos de gobierno.

Estructura Directiva
La UPNFM cuenta con los siguientes órganos de gobierno:

• Consejo Superior Universitario
• Consejo Directivo.
• Rectoría

El Consejo Superior Universitario (CSU) es la instancia de mayor autoridad y el organismo que define las políticas institucionales, tanto en lo académico como en lo administrativo. El CSU está integrado por la Rectoría (cuerpo colegiado compuesto por el Rector, las Vice Rectorías y la Secretaría General ), las Decanaturas de Facultades, la representación de los Centros Unidades Académicas, así como por la delegación proporcional del sector estudiantil.

El Consejo Directivo (CD) constituye una segunda instancia de gobierno, de carácter específicamente operativo en asuntos académicos, administrativos y técnicos. Está conformado por la Rectoría , Decanaturas de Facultades, Directores de Centros Universitarios y unidades de apoyo técnico y, además, por la representación estudiantil. El (CD), de conformidad con sus atribuciones estatutarias, eleva sus iniciativas ante el (CSU) para la discusión y aprobación correspondientes.

La Rectoría es el órgano que propone y ejecuta las políticas y orientaciones, ejecuta las resoluciones del Consejo Superior Universitario y del Consejo Directivo y establece relaciones a nivel nacional e internacional, constituyendo así la instancia de dirección general de la UPNFM.

La Rectoría está compuesta por un Rector y cuatro Vice Rectorías: Vice Rectoría Académica, Vice Rectoría Administrativa, Vice Rectoría de Educación a Distancia, Vice Rectoría de Investigación y Postgrado, una Dirección Especial del Centro Universitario y una Secretaría General. El Rector es la máxima autoridad ejecutiva y el representante legal de la UPNFM.