El Centro de Investigación e Innovación Educativas , fue fundado en 1959 con el nombre de Instituto Nocturno Anexo a la Escuela Superior del Profesorado "Francisco Morazán" (INA), con el propósito de servir de centro de Práctica Pedagógica: docente y administrativa. Se crea con su actual nombre desde diciembre de 1999, con el fin de realizar investigación en los diversos niveles educativos. Funciona actualmente como una unidad académica adscrita a la Vice Rectoría Académica y en un futuro inmediato a la Vice Rectoría de Investigación y Postgrado de la Universidad Pedagógica Nacional "Francisco Morazán".